Да, ситуация понимается правильно. Только имейте в виду, что в перечнях документов со сроками хранения нельзя найти конкретных заголовков дел. Перечнями устанавливаются сроки хранения категорий документов, т.е. совокупности их видов и разновидностей, которые могут возникнуть прежде всего по типовым направлениям деятельности и функциям управления любой организации. А в номенклатуре дел закрепляются заголовки дел и сроки хранения конкретных документов, которые возникают в ее деятельности.
Для определения сроков хранения документов, отражающих специфику деятельности, рекомендуем также специально организовать заседание экспертной комиссии организации, чтобы с учетом коллегиального мнения специалистов в протоколе заседания закрепить, а в дальнейшем и соблюдать сроки хранения документов, которые не нашли отражения в перечнях типовых архивных документов. В качестве справочника можно использовать и разработанные до 1991 года ведомственные перечни документов со сроками их хранения (перечень министерства медицинской промышленности и перечень министерства здравоохранения) в зависимости от того, какой аспект фармацевтической деятельности сейчас реализуется в вашей компании. То есть необходимо очень правильно организовать и провести экспертизу ценности документов.
И, наконец, схему классификации документов с указанием сроков их хранения, общую для всех стран и разработанную в штаб-квартире, рассматривайте как своеобразный ведомственный перечень документов со сроками их хранения. В нем формулируются типовые заголовки категорий документов и дел, типовые сроки их хранения. С учетом статуса иностранной компании, филиал которой зарегистрирован на территории Российской Федерации (филиал не является юридическим лицом, но проверьте, кстати, где он уплачивает налоги, т.к. филиал может быть налоговым резидентом Российской Федерации), при разработке конкретной номенклатуры дел приоритет все-таки остается за конкретно сформулированными заголовками (Вы можете уточнять, конкретизировать типовые заголовки категорий дел и документов из схемы классификации) и конкретными сроками хранения, установленными законодательными и нормативными правовыми актами Российской Федерации (и не только перечнями).
При оформлении номенклатуры дел в графе «Примечание» указывайте, на основе какого норматива определен срок хранения документов дела. При совпадении сроков можно оформить ссылку и на перечень, и на соответствующий пункт/подпункт присланной Вам схемы классификации, т.е. на два норматива. При несовпадении сроков приоритетным является больший срок, поэтому ссылку Вы оформляете или на статью перечня, или на схему классификации, или на пункт решения об определении срока хранения в протоколе заседания экспертной комиссии. И без упоминания одного из действующих сейчас перечней типовых архивных документов с указанием сроков их хранения обойтись совсем будет нельзя, т.к. Ваши документы создаются на территории Российской Федерации.